Η Ένωση Αθέων «δεν το βάζει κάτω» και προσφεύγει στο ανώτατο όργανο, το Συμβούλιο της Επικρατείας, με αίτημα να καταργηθούν οι υπουργικές αποφάσεις σχετικά με την αναγραφή του θρησκεύματος στο σχολικό απολυτήριο.
Στην συνεδρίασή του ΣτΕ, τέθηκε το θέμα εάν η τήρηση αρχείου τίτλων και πιστοποιητικών σπουδών στα γυμνάσια και λύκεια, στα οποία καταχωρείται το θρήσκευμα των μαθητών, έρχεται σε αντίθεση με το νόμο για την προστασία των προσωπικών δεδομένων, την Ευρωπαϊκή νομοθεσία και τη Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου.
Μάλιστα, ο δικηγόρος της Ένωσης, στην έναρξη της ακροαματικής διαδικασίας, ζήτησε να αφαιρεθούν τα θρησκευτικά σύμβολα από τη δικαστική αίθουσα. Το δικαστήριο διέκοψε για να αποφασίσει και τελικά απέρριψε το αίτημα της Ένωσης, με ψήφους 24 υπέρ έναντι 3 κατά.
Αναφορικά με την διαγραφή ή μη του θρησκεύματος από το απολυτήριο, ο δικηγόρος της Ένωσης, πρόσθεσε ότι το απολυτήριο του Λυκείου θα συνοδεύει τους μαθητές σε όλη τους τη ζωή και σε όλη τους την επαγγελματική σταδιοδρομία και επικαλέστηκε την απόφαση του ΣτΕ για την διαγραφή του θρησκεύματος από τις αστυνομικές ταυτότητες.
Από την πλευρά της η δικηγόρος του δημοσίου έθεσε το ζήτημα εάν θεμελιώνει έννομο συμφέρον η Ένωση, να καταθέσει αίτηση ακύρωσης για το επίμαχο θέμα.
Με το να αναγράφεται στο απολυτήριο το πεδίο του θρησκεύματος, το θρήσκευμα του μαθητή, όχι μόνο δεν προσβάλει κανένα δικαίωμα θρησκευτικής ελευθερίας, αλλά αντίθετα το άρθρο 16 του Συντάγματος αναφέρεται στην ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης.